Piirustusten transkriptiotekijäkoodin sitomismallit kuvaavat tekijöiden geenin ilmentämisrooleja

Piirustusten esittely video???? (Kesäkuu 2019).

Anonim

Paikat, joissa transkriptiotekijät sitovat sääntely-DNA: ssa, kuuluvat kuuteen erilaiseen malliin, jotka ovat päällekkäisiä tekijöiden toimintojen kanssa, laajat tutkijat löytävät ja auttavat edistämään sääntelyn genomiikan tavoitetta.

Säännöt, jotka sanovat, miten sääntelyn DNA-elementtejä kutsutaan tehostajiksi, ohjaavat geenien ilmentymistä, pysyvät hämärtyneinä, mutta on selvää, että ne toimivat erikoistuneilla proteiineilla, joita kutsutaan transkriptiotekijöiksi (TF). Lukuisat laajat tutkijat ovat havainneet, että TF: n sitoutumiskohtien sisällä tehostajat klusteroituvat erillisissä kuvioissa, jotka heijastavat tekijöiden rooleja geenin ilmentymisen kontrolloinnissa.

Nämä mallit, jotka voivat olla asema-pohjainen koodi, voivat olla hyvä kaikille tutkijoille, jotka yrittävät oppia parantajien toiminnan ennustamiseksi pelkästään sekvenssitiedoista.

Tiimi, jota johtaa jatko-opiskelija Sharon Grossman ja instituutin johtaja Eric Lander, raportoivat havainnoistaan PNAS: ssä.

TF: t sitoutuvat tehostajiin (jotka valvovat koko geenien ilmentymisohjelmia) ja muita säätelyelementtejä, joita kutsutaan promoottoreiksi (joista geenitranskriptio alkaa) tietyillä sekvensseillä, joita kutsutaan motiiveiksi. Sitoutuneenaan nämä proteiinit suorittavat erilaisia ​​työpaikkoja DNA: n hajoamiselta lukemiseen geeneihin ja RNA: n kirjoittamiseen.

Laaja ryhmä tutki 103 tekijän motiivit 47 solutyypissä, keskittyen nukleosomiin köyhdytettyihin alueisiin (NDR: een): venyttämättömän säätely-DNA: n, jossa TF: t voivat sitoutua. Kun joukkue verrattiin motiivien sijainteihin, syntyi kuusi erillistä ryhmää, jotka olivat päällekkäisiä tekijöiden tunnettujen roolien kanssa.

Ryhmät eivät jakautuneet tasaisesti kaikkiin tarkasteltavaan ryhmään kuuluville NDR: ille. Pikemminkin ryhmä totesi, että tiettyjä ryhmiä jatkuvasti tapahtui yhdessä kaikkien 47 solutyyppien kanssa. Esimerkiksi ryhmän 4 motiiveja sisältävät tehostajat sisälsivät myös enemmän motiiveja ryhmästä 3 ja vähemmän ryhmistä 5 ja 6, mikä viittaa siihen, että erilaiset TF-yhdistelmät saattavat toimia erilaisten tehostajien kanssa.

Tiimien tulokset ovat uusi askel kohti pitkän aikavälin tavoitetta: mallin määrittäminen tehostajien toiminnan määrittämiseksi tietyssä solutyypissä tarkastelemalla niiden DNA-sekvenssiä. He avaavat oven lisää näkemyksiä siitä, mikä on aktiivinen, toiminnallinen tehostaja, toisin kuin ei-aktiivinen.

menu
menu